I pericoli alimentari sono degli agenti che possono potenzialmente compromettere la salute umana e si suddividono in pericoli biologici, pericoli chimici e pericoli fisici. Ogni organizzazione agroalimentare deve mettere in atto, a protezione della salute umana dei consumatori, attività di valutazione, prevenzione e mitigazione del rischio biologico, chimico e fisico. Per ogni materia prima e prodotto finito devono essere considerate le possibili presenze di contaminazioni da parte dei suddetti fattori. Questo processo di identificazione e valutazione è obbligatorio sia che si operi in ambiente HACCP, che di HARPC, secondo i prinicipi del Codex Alimentarius. Grazie a strumenti come l’albero delle decisioni, potranno essere individuate le fasi di processo atte all’abbattimento, prevenzione e/o mitigazione nei limiti accettabili dei rischi associati.